Ô nhiễm môi trường từ việc lạm dụng các loại hóa chất, kháng sinh, cùng với đó là quy trình cải tạo, xử lý nước để nuôi trồng thủy sản không đảm bảo, đã khiến cho nhiều vùng nuôi thường xuyên bị nhiễm bệnh, gây thiệt hại cho người nuôi. Do đó, việc tập trung xây dựng các vùng nuôi trồng thủy sản có môi trường sạch được coi là yếu tố tiên quyết để phát triển ngành thủy sản theo hướng bền vững hiện nay.